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技術(shù)資源
X-Biotech產(chǎn)品常見問題及回答
SDS-PAGE電泳:
1.蛋白Marker在凝膠上缺失部分條帶?
檢查使用的凝膠類型和百分比。根據(jù)蛋白分子量大小不同,使用不同孔徑的聚丙烯酰胺凝膠。常用聚丙烯酰胺凝膠組分中雙丙烯酰胺和丙烯酰胺的物質(zhì)的量的比為1:29(或0.8:29.2),有效分離范圍如下表。
在Tris-Glycine膠中,通常12.5%的膠可以將10-180kDa的條帶有效分開,10%的膠10/15/17kDa的條帶會一起壓縮在*前沿,8%的膠10/17/25會一起壓縮在*前沿。
2.為什么你們的蛋白Marker跟其他品牌蛋白Marker條帶指示大小不一致?換用不同凝膠,條帶大小變化也不一樣?
SDS-PAGE中非預(yù)染蛋白marker受不同緩沖體系的影響小,而預(yù)染蛋白質(zhì)marker由于多肽鏈上連接的染料集團(tuán)受不同緩沖體系的影響比較大,因此預(yù)染蛋白marker在使用的不同緩沖體系中,需要用非預(yù)染蛋白marker進(jìn)行標(biāo)定。
各個品牌條帶指示大小不一致,可能有幾個因素:
(1)采用的標(biāo)定方式和標(biāo)示方法不一樣。
①標(biāo)定采用的非預(yù)染蛋白質(zhì)marker不一樣。分子量相同的蛋白由于氨基酸殘基序列組成不同,與SDS的結(jié)合有差異,從而顯示出不同的表觀分子量。
x-biotech標(biāo)定采用的非預(yù)染蛋白質(zhì)分子量標(biāo)準(zhǔn),采用廣泛通用的Biorad1610363(10-250kDa),Thermo26614(10-200kDa),26610(14.4-116kDa)和26632(3.4-100kDa)進(jìn)行標(biāo)定,并且標(biāo)示分子量與標(biāo)定實測表觀分子量非常接近。
②由于SDS-PAGE測量誤差比較大,需要多次和多平行樣測定。
(2)各個品牌預(yù)染蛋白marker標(biāo)記采用的染料不一樣,導(dǎo)致在不同緩沖體系中的表觀分子量變化不一樣,有時差距極大。比如,某品牌藍(lán)色條帶在TrisGlycine與Bis-Tris膠中比較,其表觀分子量變化均超過10%以上,有的條帶變化甚至超過20%以上。
經(jīng)測定,x-biotech預(yù)染蛋白質(zhì)的藍(lán)色和綠色條帶表觀分子量在不同的緩沖體膠中基本無變化(TrisGlycine,BisTris,Tris-acetate,Tricine)或變化極小(Hepes-Tris);橙色條帶跟進(jìn)口品牌變化基本一致,在Bis-Tris,Tris-acetate和部分改良TrisGlycine預(yù)制膠中表觀分子量降低約10%。基本可以代替非預(yù)染marker。
3.在蛋白marker泳道中看到了一些額外的條帶。可以提供一些建議嗎?
(1)上樣時,請注意確保相鄰樣品泳道沒有交叉污染。蛋白質(zhì)上樣過多,可能會飄散到別的泳道,導(dǎo)致產(chǎn)生額外的條帶,這個問題在使用銀染凝膠時尤為突出。
(2)Marker儲存不當(dāng)或反復(fù)凍融會導(dǎo)致蛋白質(zhì)降解,產(chǎn)生額外條帶。x-biotech預(yù)染蛋白marker基本沒有這種現(xiàn)象。
4. 您們的蛋白marker的推薦上樣體積是多少?
0.75mm和1.0mm建議3-5ul,1.5mm建議8-10ul。
5. 我可以將你們的預(yù)染蛋白marker用于非變性凝膠電泳嗎?
我們不建議將我們的預(yù)染蛋白質(zhì)分子量標(biāo)準(zhǔn)品用于非變性凝膠電泳。因為它們已經(jīng)變性(在 SDS 樣品緩沖液中)和預(yù)還原(通過專有方法),預(yù)染marker其標(biāo)示分子量不代表在非變性凝膠電泳中的樣品分子量,但是可以作為一個電泳相對標(biāo)尺。
6. 為什么預(yù)染蛋白marker電泳條帶有時上面條帶寬下面窄,不是一樣的寬窄?
請檢查緩沖液的pH和更換pH標(biāo)準(zhǔn)品。
7. X-biotech的預(yù)染Marker產(chǎn)品穩(wěn)定性如何?
x-biotech產(chǎn)品非常穩(wěn)定。通過我們的測試,x-biotech預(yù)染Marker25度放置35天幾乎無變化;37度放置28天僅130kDa以上大分子稍變?nèi)酰挥绊懯褂茫?0度放置9天僅130kDa以上大分子稍變?nèi)?,不影響使用?0度對x-biotech小分子影響小,大分子逐漸變?nèi)酢4蠓肿又饾u變?nèi)蹩赡苁歉邷厝芙庑圆豢赡孀冃?,?dǎo)致溶解性降低。
8.你們的預(yù)染蛋白marker是否不穩(wěn)定,啟用后條帶逐漸消失降解,*后只剩*前沿的很深的藍(lán)色條帶
x-biotech產(chǎn)品非常穩(wěn)定。產(chǎn)生這種現(xiàn)象的原因是由于實驗操作不當(dāng)或其他原因,在預(yù)染蛋白marker中引入了某種外源物質(zhì)導(dǎo)致蛋白marker特異降解成小片段。解決方法:a注意實驗操作習(xí)慣,使用干凈的一次性的取樣槍頭,b多人使用時,蛋白marker啟封后立即用干凈的離心管和槍頭分裝。
9.使用蛋白marker,條帶看起來彌散、模糊,怎么辦?
(1)配試劑盡可能使用超純水。
(2)選用合適濃度的凝膠并確認(rèn)凝膠在正常有效期內(nèi)。凝膠放置時間過長會影響分離效果,建議使用新配制的凝膠電泳。特別注意甲叉丙烯酰胺開封后多次稱取會很快失效。
(3)電壓過高或電泳時間過長,產(chǎn)熱過多導(dǎo)致電泳緩沖液溫度升高。建議參照產(chǎn)品使用說明書。
(4)電泳緩沖液陳舊,pH值不在緩沖范圍內(nèi)。建議使用新鮮的電泳緩沖液,為了獲得理想的結(jié)果建議在使用前預(yù)冷緩沖液。
(5)存儲或取用不當(dāng),引入外源污染,導(dǎo)致蛋白降解。建議使用干凈的槍頭和EP管分裝marker,用干凈的槍頭、緩沖液和電泳設(shè)備進(jìn)行實驗。
(6)蛋白marker存儲太久并存儲不當(dāng),或很多次取用。 x-biotech產(chǎn)品不存在這個問題。
10.為什么有時候帶型不整齊,呈向上彎曲狀(“微笑狀”)或向下彎曲狀(“皺眉狀”)?
11.為什么x-biotech marker在某些使用上層膠染料的預(yù)制膠或預(yù)混液膠表現(xiàn)不佳,上樣量小的時候亮度不夠?(1)“微笑狀”條帶可能是由于凝膠橫向溫度不均勻引起的,凝膠邊緣附近的間隔條起到了散熱器的作用。可調(diào)整實驗溫度,如將電泳設(shè)備置于4°C環(huán)境中,向外槽加入更多的緩沖液以散熱,降低電泳功率,避免過熱,過熱能夠引起條帶扭曲,甚至?xí)?dǎo)致玻璃板碎裂。
(2)“皺眉狀”條帶可能是由于電的不連續(xù)導(dǎo)致的不均勻電場(如玻璃板底部有氣泡等)或凝膠厚度不一致引起的。凝膠邊緣不完全聚合也能導(dǎo)致“皺眉狀”條帶。因此,在電泳開始前需要確保凝膠中或凝膠底部沒有氣泡,并且凝膠已經(jīng)完全聚合。
(3)如果在凝膠兩側(cè)泳道,由于邊緣效應(yīng)、離子強(qiáng)度不均等原因,均會導(dǎo)致帶型變寬或彎曲。建議點樣時將蛋白marker放在泳道中間或者在邊緣點兩個泳道m(xù)arker。
(4)凝膠配制不勻,凝膠內(nèi)存有氣泡,或點樣孔中有細(xì)碎的殘膠。
(5)配膠過程中,分離膠和濃縮膠的界面不平。
(6)電泳槽存在封閉不嚴(yán)的情況,導(dǎo)致電壓不穩(wěn),出現(xiàn)跑膠條帶傾斜。
(7)檢查試劑特別是甲叉丙烯酰胺是否失效
上層膠不要加染料即可。上層膠染料可能對某些蛋白質(zhì)的電泳產(chǎn)生影響,比如等電點偏低的蛋白質(zhì)。
轉(zhuǎn)膜:
1.預(yù)染蛋白Marker電泳后清晰,但是轉(zhuǎn)膜后顏色變淡?
通常情況下,轉(zhuǎn)膜后x-biotech 預(yù)染marker條帶會更鮮亮,如果顏色變淡,可能有幾種情況:
(1)轉(zhuǎn)印不完全
操作不當(dāng),比如,轉(zhuǎn)膜沒有加冰袋,溫度過高;膠和濾紙沒夾緊。
轉(zhuǎn)膜條件不適合,轉(zhuǎn)膜時間過長可能透膜,轉(zhuǎn)膜時間過短,蛋白可能殘留在膠內(nèi)。
膜沒有充分活化,甲醇濃度太高易造成蛋白穿膜,轉(zhuǎn)移到濾紙上;未活化可能也可能導(dǎo)致膜吸附蛋白能力不強(qiáng)。
膜孔徑不適合,建議小分子蛋白使用0.22um膜。
(2)轉(zhuǎn)印正常,可能使用了特殊的轉(zhuǎn)膜緩沖液,建議使用通用轉(zhuǎn)膜緩沖液,或品質(zhì)有保障的商用轉(zhuǎn)膜緩沖液如易優(yōu)快轉(zhuǎn)液。另外轉(zhuǎn)膜液均不需要加SDS,若實驗必須使用,建議SDS濃度不要超過0.02–0.04%。
2.洗膜的過程中顏色變淺?
可能使用了比較特殊的緩沖液或者洗滌強(qiáng)度過強(qiáng)。建議使用通用緩沖液,或品質(zhì)有保障的商用緩沖液,適當(dāng)洗滌。較小孔徑的膜可以在封閉和洗滌過程中更好地保留蛋白質(zhì)。
3.為什么轉(zhuǎn)膜后NC/PVDF膜上蛋白標(biāo)品的條帶會丟失?
按標(biāo)準(zhǔn)操作流程,2.6-400kD都可正常轉(zhuǎn)膜成功。
4. 蛋白質(zhì)marker里小分子蛋白質(zhì)條帶穿膜。該如何解決這個問題?
按照標(biāo)準(zhǔn)操作流程,通常都可得到良好結(jié)果。如果出現(xiàn)蛋白條帶穿膜而過的情況,重點檢查以下幾個因素:
1) 轉(zhuǎn)印條件,建議適當(dāng)降低電壓、電流或縮短轉(zhuǎn)印時間。
2) 確保轉(zhuǎn)膜緩沖液的甲醇濃度和時長合適,x-biotech低分子量預(yù)染蛋白marker不需要加甲醇。轉(zhuǎn)膜前使用濃度為10–20%的甲醇平衡PVDF膜,時間一般不超過30秒。
3) SDS濃度適當(dāng)。X-biotech小分子量和大分子marker轉(zhuǎn)膜時均不需要SDS,若實驗必須使用,建議SDS濃度不要超過0.02–0.04%。過多的SDS會阻礙蛋白質(zhì)與膜的結(jié)合。
4) 檢查膜的質(zhì)量、孔徑和靶標(biāo)蛋白質(zhì)的大小。如果您的目標(biāo)蛋白質(zhì)小于10 kDa,*好使用0.2μm及以下孔徑的膜。